Fluminense nahm Thiago Silva im Januar 2007 auf. Silva kehrte nach Brasilien zurück, um seine Fußballkarriere wieder aufzunehmen, was sein Leben veränderte: "Jeder weiß, was ich für Fluminense empfinde. Ich war damals an Tuberkulose erkrankt, und sie haben mir trotzdem ihre Türen geöffnet. Ich bin ihnen immer dankbar."
Bei Fluminense wurde Thiago Silva zum Star der brasilianischen Defensive. 2007 verhalf Silva Fluminense zum Gewinn der Copa do Brasil und wurde in die erste Mannschaft der Copa América berufen. Silva wurde schnell zum neuen Liebling der Fluminense-Fans, und 2008 verhalf er der Mannschaft zum ersten Mal zum Einzug ins Finale der Copa Libertadores, das sie im Elfmeterschießen gegen Sporting Quito verlor.
Am 13. August 2008 verlor China bei den Olympischen Spielen in Peking in der dritten Runde der Gruppenphase der Männerfußballmannschaft mit 0:3 gegen die brasilianische Olympiamannschaft. In diesem Jahr war Thiago Silva noch keine 24 Jahre alt.
Silva gewann mit Brasilien bei den Olympischen Spielen in Peking die Bronzemedaille. Zwei Monate später gab Silva sein Debüt in der Nationalmannschaft, als er Juan im WM-Qualifikationsspiel Brasiliens gegen Venezuela ersetzte.
Im Jahr 2008 debütierte Thiago Silva, nahm an den Olympischen Spielen teil, absolvierte sein Debüt für die Nationalmannschaft, erreichte das Finale der Copa Libertadores, wurde zum besten Spieler der Liga gewählt, der brasilianischen ersten Liga und der südamerikanischen Fußballkonföderation zog die Aufmerksamkeit vieler Giganten.im Januar 2009, schloss sich Silva AC zweiten landete in Europa für Milan für eine Ablösesumme von 10 Millionen Euro!
Thiago Silva eroberte in der Saison 09/10 die Mailänder Fans. Maldini lobte ihn als "mit allen Eigenschaften eines Champions" und Nesta lobte "die Ankunft eines großen Spielers". Silva etablierte sich schnell als Mentor im Apennin und könnte in Südafrika für Brasilien spielen.
Bei der Weltmeisterschaft in Südafrika entschied sich Dunga für den 32-jährigen Lucio und den 31-jährigen Juan in der Innenverteidigung. Der 25-jährige Thiago Silva erhielt keine Einsatzchance und musste mit ansehen, wie die Mannschaft einen weiteren Platz unter den ersten Vier auf der Bank verpasste. Bei der Copa América 2011 ersetzte Silva Juan und spielte zusammen mit Lucio in der Innenverteidigung. Der 19-jährige Neymar wurde ebenfalls eingewechselt, als Brasilien vor einer Verlängerung stand. In den nächsten 10 Jahren sollte Silva zusammen mit Neymar sowohl in der Defensive als auch in der Offensive die Hauptlast des brasilianischen Spiels tragen und das Land durch eine dunkle Zeit führen.
Silva trug dazu bei, dass der AC Mailand in der Saison 10/11 den Titel in der Serie A gewinnen konnte. Noch erschreckender ist, dass er in dieser Saison in 42 Einsätzen nur eine gelbe Karte kassierte und im Mittelfeld einsprang, als die Mannschaft eine Personalkrise hatte. Silva wurde zu Milans Spieler der Saison gewählt und von La Gazzetta dello Sport zum Spieler der Saison der Serie A gekürt.
